可用作测定的标本十分广泛，体液(如血清)、分泌物(唾液)和排泄物(如尿液、粪便)等均可作标本以测定其中某种抗体或抗原成份。有些标本可直接进行测定(如血清、尿液) ，有些则需经预处理(如粪便和某些分泌物)。大部分ELISA检测均以血清为标本。血浆中除尚含有纤维蛋白原和抗凝剂外，其他成份均同等于血清。制备血浆标本需借助于抗凝剂，而血清标本只要待血清自然凝固、收缩后即可取得。除特殊情况外，在医学检验中均以血清作为检测标本。在ELISA中血浆和血清可同等应用 。
血清标本可按常规方法采集，应注意避免溶血，红细胞溶解时会释放出具有过氧化物酶活性的物质，以HRP为标记的ELISA测定中，溶血标本可能会增加非特异性显色。血清标本宜在新鲜时检测。如有细菌污染，菌体中可能含有内源性HRP，也会产生假阳性反应 。如在冰箱中保存过久 ，其中的可发生聚合，在间接法ELISA中可使本底加深 。一般说来 ，在5天内测定的血清标本可放置于4℃ ，超过一周测定的需低温冰存。冻结血清融解后，蛋白质局部浓缩，分布不均 ，应充分混匀宜轻缓 ，避免气泡 ，可上下颠倒混和，不要在混匀器上强烈振荡。混浊或有沉淀的血清标本应先离心或过滤，澄清后再检测。反复冻融会使抗体效价跌落 ，所以测抗体的血清标本如需保存作多次检测，宜少量分装冰存 。保存血清自采集时就应注意无菌操作，也可加入适当防腐剂(见3.2.4) 。
按试剂盒说明书的要求准备实验中需用的试剂。ELISA中用的蒸馏水或去离子水，包括用于洗涤的，应为新鲜的和高质量的 。自配的缓冲液应用pH计测量较正。从冰箱中取出的试验用试剂应待温度与室温平衡后使用。试剂盒中本次试验不需用的部分应及时放回冰箱保存。
在ELISA试剂盒检测中一般有3次加样步聚，即加标本，加酶结合物，加底物。加样时应将所加物加在LEISA板孔的底部，避免加在孔壁上部，并注意不可溅出，不可产生气泡。加标本一般用微量加样器，按规定的量加入板孔中 。每次加标本应更换吸嘴 ，以发生交叉污染 ，也可用一次性的定量塑料管加样。有此测定(如间接法ELISA)需用稀的血清 ，可在试管中按规定的稀释度稀释后再加样 。也可在板孔中加入稀释液，再在其加入血清标本，然后在微型震荡器上震荡1分钟以保证混和。加酶结合物应用液和底物用液时可用定量多道加液器，使加液过程迅速完成。